Тот момент когда пользователь заходит под своей учётной записью и пропаают ярлыки и пути при запуске 1С, значит пользователь зашёл под временным профилем.
Это можно проследить зайдя на сервер под администратором и открыть реестр regedit от имени администратора.
В реестре создает две ветки
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\ProfileList\{ID}
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\ProfileList\{ID}.bak
(найти будет легко, он с .bak)
Заходим в {ID}.bak и смотрим параметр: ProfileImagePath
Там путь к реальному профилю и смотрим что с ним лучилось, нет прав на запись \ проблема с местом хранения.
Возможная проблема: диск пользователя остался подключенным но был не в сети, после его отключения все встало на свои места. (речь про диск с профилями).
Также возможное решение: отключение в групповых политиках возможности входа с временным профилем, чтобы вообще не возникали такие ситуации.